С какой стати инженер (а это, напомню, младшая из высших технических должностей) более компетентен в таком вопросе, по своей природе научном? Функциональная обязанность инженера - не более чем настраивать оборудование по методике, которую напишет ведущий научный сотрудник.
Если ты считаешь мнение директора ангажированным, так найди другого доктора ф-м наук. Хотя бы для начала. Потому что сложная статистическая обработка - это не такая вещь, в которой может разобраться любой водопроводчик. Я вот на пару ступеней повыше инженера, но я поостерёгся бы делать такие претенциозные выводы.
Может ли телескоп после модернизации выдавать измерения с другими погрешностями? Несомненно, может. Является ли это непреодолимой проблемой? Вряд ли. В решении таких проблем и состоит сущность работы учёного.